Đại Chiêu tự vốn tên Thần Biến tự (The House of Mysteries), xây dựng từ năm Vạn Lợi triều nhà Minh, tức là năm 1579. Chùa chính thức đổi tên thành Đại Chiêu Tự năm 1409 sau sự kiện Tông Khách Ba chiêu tập chúng phái phật giáo Tây Tạng cử hàng Đại Pháp hội tán thán Phật Thích Ca Mâu ni. Lúc bấy giờ, triều nhà Minh ban tên gọi "Chùa Hoằng Từ", cũng gọi là chùa Đại Chiêu.

Tương truyền, năm hoàn thành xây dựng chùa Đại Chiêu, Đức Đạt-lai đời thứ ba của Tây Tạng đã từ Tây Tạng đến Nội Mông để chủ trì Pháp hội khai quang pho tượng Phật bạc, sau đó, Phật sống Đạt-lai đời sau đều đã từng đến chùa Đại Chiêu giảng kinh truyền pháp, chùa Đại Chiêu đã trở thành chùa có sức ảnh hưởng lớn của khu vực Nội Mông, tín đồ bốn phương tấp nập đến hành hương.

Vào thế kỷ 11 - Ngài A Đề Sa (Atisha -阿提沙 982-1054) [1] cũng từng thuyết Pháp tại chùa. Ngài là một đại sư người Đông Ấn đã góp phần truyền Phật giáo vào Tây Tạng và thuyết về Bồ Đề Tâm sáng lập trường phái Ca Đương gây ảnh hưởng rất lớn cho nền Phật giáo Tây Tạng, nhất là dòng Cách Lỗ của ngài Tông Khách Ba. Chùa nhiều lần bị quân Mông Cổ tấn công nhưng chùa sau nhiều năm vẫn giữ được nhiều nét nguyên vẹn.

Đến thời kỳ nhà Thanh, vua Khang Hy lại ra lệnh tu bổ chùa Đại Chiêu, còn dùng vàng ̣đúc bài vị có 4 chữ "Hoàng Đế Vạn Tuế" đặt trước pho tượng Phật Bạc. Từ đó, chùa Đại Chiêu đã trở thành một ngôi "chùa hoàng gia" và không mời phật sống đến nữa, địa vị tôn giáo và chính trị của chùa ngày càng cao, đã trở thành trung tâm giao lưu văn hóa giữa dân tộc Mông Cổ, Tạng, Hán lúc bấy giờ, phát huy vai trò quan trọng đối với chính trị xã hội, văn hóa Nội Mông, là chùa Phật nổi tiếng nhất ở miền Bắc Trung Quốc.